Struktur kurikulum tahap profesi Dokter ditempuh selama 4 semester atau setara 43 SKS dan diakhiri dengan gelar Dokter (dr). Struktur kurikulum ini mengacu pada department based yaitu terdiri atas 13 bagian kepaniteraan klinik, 1 bagian kepaniteraan khusus, dan Comprehensive dan Kepaniteraan Umum.
Di dalam sistem departement based ini, mahasiswa mengikuti kegiatan pendidikan sesuai dengan rotasi sebagai berikut.
| I | Minggu | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | Jumlah sks |
| Durasi | 4 | 4 | 9 | 4 | ||||||||||||||||||||
| Mata Kuliah | ILMU KESEHATAN MATA | ILMU KESEHATAN THT | ILMU PENYAKIT DALAM | RADIOLOGI | 11 | |||||||||||||||||||
| Kode Mata Kuliah | FK217008008 | FK217008001 | FK217008001 | FK217008008 | ||||||||||||||||||||
| sks | 2 | 2 | 5 | 2 | ||||||||||||||||||||
| II | Durasi | 4 | 9 | 4 | 4 | 11 | ||||||||||||||||||
| Mata Kuliah | ANESTHESI | ILMU BEDAH | ILMU PENYAKIT SARAF | ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN | ||||||||||||||||||||
| Kode Mata Kuliah | FK217008011 | FK217008003 | FK217008005 | FK217008007 | ||||||||||||||||||||
| sks | 2 | 5 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||
| III | Durasi | 9 | 4 | 9 | 12 | |||||||||||||||||||
| Mata Kuliah | ILMU KESEHATAN ANAK | ILMU KESEHATAN JIWA | ILMU KEBIDANAN DAN KANDUNGAN | |||||||||||||||||||||
| Kode Mata Kuliah | FK217008002 | FK217008006 | FK217008004 | |||||||||||||||||||||
| sks | 5 | 2 | 5 | |||||||||||||||||||||
| IV | Durasi | 4 | 9 | 2 | 7 | |||||||||||||||||||
| Mata Kuliah | ILMU KEDOKTERAN FORENSIK DAN MEDIKOLEGAL | ILMU KESEHATAN MASYARAKAT | KEPANITERAAN KHUSUS | Bimbingan persiapan | UKMPPD | |||||||||||||||||||
| Kode Mata Kuliah | FK217008012 | FK217008013 | FK217008014 | |||||||||||||||||||||
| sks | 2 | 5 | ||||||||||||||||||||||